教育主题网站的数目发展很快，功能和技术水平越来越强，但教育主题网站在学校实际教学第一线的使用频率和应用水平仍很低：
第一、教育主题网站建设思路不正确。教育主题网站建设应该根据教学改革的实际需要，以应用促建设，而实际情况是，建设与应用经常脱节，建设非常盲目，应用时的具体需求不能得到保障；
第二、教师应用教育主题网站开展教学改革的能力不足。利用教育主题网站开展教学需要专门的策略和方法，多数没有经过专门培训的教师不能够顺利完成利用教育主题网站改善教学结果的任务。
教育主题网站建设与应用水平地区之间和学校之间的不平衡；除地区和学校的经济水平外，影响教育主题网站建设与应用水平的主要因素是教育主管部门和学校领导的重视程度。
教育主题网站建设与应用群体的不平衡
参与评选活动和研讨会的一线教师多数是年轻教师，这说明教育主题网站建设和应用的主力军是年轻教师。技术的复杂性限制了年长教师的参与。
关注的重点仍是如何更好的发挥教育主题网站辅助教的作用。只有个别网站的建设者和使用者开始从促进有效学习的角度认识教育主题网站的作用。
教育主题网站在教育中：“没有教育教学观念的变革，即使主题资源网站走进课堂，也是无益于学生终身学习能力的形成和发展，相反只能是成为传统教育强化记忆的工具。另外，没有丰富优质的数字资源做支撑，即使再好的教育观念或教学设计的方法，也无益于学生信息素养的形成和终身学习能力的培养”。
